
Con el nuevo milenio, Marvel Comics escapó de la bancarrota y de nuevo comenzó a cambiar sus ofertas. En el 2001, Marvel dejó el Código de Autorización de los Comics y estableció su propio Sistema de Escalas Marvel para cómics. El primer título fue X-Force #119. Esto trajo consigo nuevos formatos de impresión, como MAX, una línea dedicada para los lectores maduros, y Marvel Age, desarrollada para audiencias más jóvenes. Además de esto, está el exitoso formato de Ultimate Marvel, el cual permitió a Marvel revitalizar a sus títulos con más ventas mediante la renovación de sus mayores héroes y villanos para que fueran accesibles a una nueva generación de lectores. Esta nueva versión se desarrolla en un universo que es paralelo al universo donde se desarrolla la "continuidad normal" de Marvel, permitiendo a los guionistas y dibujantes libertad para redefinir historias y caracteres de los personajes, de manera que todos estos cambios no afecten a la continuidad establecida. De esta manera ha podido captar una gran influencia de nuevos lectores que no habrán leído comics anteriormente pero si estaban familiarizados con los personajes a través de las películas y las series de televisión. Marvel también ha mejorado su departamento de novela gráfica, estableciendo una gran presencia en las librerías. Tal como pasó en 2007, Marvel sigue siendo el editor dominante de comics, incluso con la disminución de ventas. Stan Lee, que actualmente no ocupa ningún cargo directivo excepto el de Presidente Emérito. En 2002, Stan Lee demandó una parte de los beneficios proporcionados por las películas y el Merchandising, basándose en un contrato entre él y Marvel que data de finales de los 90; de acuerdo con los documentos del juicio, Marvel ha usado "Hollywood accounting" para declarar que esos proyectos no generaron beneficios. Marvel Comics Entertainment (División Filmográfica de Marvel) continúa en la bolsa de Nueva York como MVL. Algunos personajes e historias se han convertido en películas de franquicia, el gran exponente viene siendo las películas de los X-Men, empezada en 2000, y la serie de Spiderman, comenzada en 2002. En 2006, Marvel creó un comic llamado "Civil War" estableciendo en el universo Marvel un registro de superhéroes, provocando una separación política y ética entre los superhéroes. La compañía lanzó una iniciativa online a finales de 2007 llamada "Marvel Digital Comics Unlimited", un archivo digital de 2500 comics editados disponibles para su visualización, a través de una subscripcion anual o mensual. Marvel permanece como una de las editoriales fundamentales del cómic mundial a pesar de la reducción del mercado norteamericano de cómics. La compañía adquiere enorme fuerza fuera de los círculos de historietas mediante las adaptaciones al cine de personajes populares como X-Men, Spiderman, Blade, Hulk, Ghost Rider, Daredevil, Elektra, Iron man o Los 4 Fantásticos, entre otros personajes.